Der Anführer der Metarex, Dark Oak, hat nur ein Ziel: Er will seine größten Gegner, Dr. Eggman und Sonic, auslöschen. Ein gewaltiges Metarex-Raumschiff, das bereits eine ganze Zivilisation vernichtet hat, soll ihm dabei als Werkzeug dienen. Zunächst stellt es Dr. Eggman – er scheint verloren. Obwohl Sonic und seine Freunde Eggman nicht leiden können, sind sie entsetzt über das Geschehen …