Kamijou Touma es un chico que vive en Ciudad Academia, una ciudad donde los poderes sobrenaturales es común en las personas y son clasificados por niveles. El aunque es un nivel 0, sin ningún poder especial, posee una habilidad única en su mano derecha que le permite anular los poderes psíquicos, mágicos, maldiciones y bendiciones, pero también su propia suerte. Una mañana Touma despierta y tiene un encuentro con una monja de la Iglesia anglicana de Inglaterra colgando de su balcón llamada "Index". Ella revela que está siendo perseguida por magos debido a que posee 103,000 libros de magia. Ambos se vuelven amigos después de un vergonzoso incidente para probar la existencia de la magia. Cuando Touma regresa a casa encuentra a Index en el suelo sangrando y detrás de él aparece un hombre quien se llama a sí mismo mago.