Ran, Conan, Sonoko et Kogorō emmènent Sera dans un bowling, afin que celle-ci fasse la rencontre du copain karatéka de Sonoko, Makoto Kyōgoku. Après une altercation avec un homme saoul, le jeune athlète va se reposer dans la voiture. Les amis de cet homme disent cependant qu'il a disparu et Sonoko, Sera et les membres de l'agence Môri partent à sa recherche. De retour à leur point de départ, l'homme est retrouvé mort, noyé, dans des toilettes portables. Conan et Sera vont enquêter, malgré la réticence de l'inspecteur Yamamura à croire à l'innocence de Makoto. De plus, il semblerait que le mystérieux grand frère de Sera connaisse Conan…