Sentomaru inconscient, le CP-0 possède désormais un contrôle total sur les Séraphins. Pendant ce temps, sur Egghead, Végapunk et ses satellites finalisent les préparatifs de leur évasion avec l’équipage. Malheureusement, la désactivation du Frontier Dome donne l’occasion aux membres du Cipher Pol de pénétrer au sein du laboratoire.