Austria, 1945. Werner Reinhardt sperimenta le proprietà pietrificanti dell'Obelisco su vari soggetti costringendoli a toccarlo finché una giovane donna manifesta di esservi immune; prima che l'obergruppenführer abbia modo di analizzarla per scoprire il motivo tuttavia, gli viene comunicata la notizia della sconfitta di Teschio Rosso e tenta di far evacuare la base venendo però arrestato. Nel presente, l'interrogatorio condotto da Bobbi su Bakshi fa emergere che Whitehall sia in realtà Reinhardt che, condannato al carcere a vita dopo l'arresto da parte di Peggy Carter, è stato rilasciato nel 1989 su ordine di Alexander Pierce e condotto al cospetto della donna di 44 anni prima, misteriosamente rimasta giovane, cui preleva il DNA a seguito di una vivisezione per poterselo iniettare e ringiovanire a sua volta. Contemporaneamente Ward rapisce suo fratello Christian e lo costringe ad ammettere i suoi crimini passati; mentre Coulson, Trip e Fitz fanno irruzione in una base satellitare nell'outback australiano per far sì che Skye riesca ad hackerarla di modo da trovare la città delle incisioni. Ad attenderli tuttavia ci sono alcuni uomini dell'HYDRA che, seppur vengano sconfitti, riescono a ferire Trip, il quale viene salvato solo grazie all'intervento del "Dottore", che sfrutta l'occasione per incontrare Coulson faccia a faccia ed ammonirlo di prepararsi alla battaglia. Sopravvissuti all'esperienza, gli agenti dello S.H.I.E.L.D. si riuniscono e, grazie al satellite, localizzano la misteriosa città. Infine, Ward si allea nuovamente con Whitehall dopo aver apparentemente assassinato Christian e i suoi genitori.