Larry è costretto al ritiro dalla base di Starkwood, ma Tony rimane all'interno e cerca di rintracciare le armi con l'aiuto del capo del consiglio della compagnia. Intanto Jack comincia ad accusare i primi sintomi della malattia, e Olivia deve tenere a bada il suo amico reporter che vuole pubblicare l'intera storia rischiando di causare il panico nella popolazione.