Charlie e Claire vengono rapiti. Tutti gli altri credono sia opera di Ethan Rom. Si organizzano due squadre per andare in soccorso dei rapiti. Boone e Locke si imbattono in un altro dei misteri che nasconde l'isola. Sayid, ricongiunto con il gruppo, lo avverte di aver scoperto la donna dietro al messaggio in francese.