Monkey Typhoon vertelt het verhaal van drie asobots – een vorm van robots waarvan de algemene titel een samenvoeging is van de woorden associatie en robot – Goku, Tongo en Joe. Ze worden tijdens hun reizen bijgestaan door Sanzo, een mens, de zoon van de maker van de asobots, en Suzie, die zich bij hen voegde nadat haar vader was genezen van het vernietigingsvirus. Later worden ze vergezeld door hun voormalige rivalen Miyon en Shiyon. Hun zoektocht is om de vernietiging van hun wereld te stoppen door de legendarische 49 sleutels te verzamelen om de Tokyo Metropolitan Government te ontgrendelen. Gaandeweg krijgen de asobots het vermogen om verder te evolueren. Samen komen ze tijdens hun vele reizen verschillende vijanden en vijanden tegen, zoals Loki, Ryutaro Demon, het Kwartet, koning Doberman Pinscher en nog veel meer, en groeien ze verenigd in hun vriendschap.