Under loppet av tre år har elva personer utsatts för de religiöst anknutna stigmata-såren som Jesus fick då han korsfästes. Samtliga dessa personer har nu mördats. Precis då Mulder bevisat att det senaste stigmat var en bluff får de ett samtal om en liten pojke som uppvisar dessa fruktansvärda sår, och de tvingas skydda honom från vad som komma skall.