หลังจากซีรีส์ชุดที่สองคือ เบ็นเท็น: พลังเอเลี่ยน จบลง ซีรีส์ชุดใหม่ “เบ็นเท็น อัลติเมทเอเลี่ยน” ไม่กี่เดือนหลังจบศึกกับวิวแกกต์ เบ็น เท็นนีย์สันซึ่งตอนนี้เติบโตเป็นเด็กหนุ่มวัย 16 ปี และชีวิตของเขามีการเปลี่ยนแปลงมากมาย ตอนนี้ออมนิทริกซ์ถูกทำลายไปแล้ว แต่เป็นอัลติเมทริกซ์ อุปกรณ์พิเศษที่ดูเหมือนนาฬิกาข้อมือที่ช่วยให้เบ็นกลายร่างไปเป็นซูเปอร์ฮีโร่จากต่างดาวได้หลากหลายรูปแบบ และยังทำให้เขาสามารถสร้างวิวัฒนาการ (อัลติเมท) ของเอเลียนทรงพลังต่อไปได้อีก และเบ็นต้องเผชิญหน้าในสิ่ง 3 อย่าง คือ