宝太郎等富良洲高中一行人去京都修学旅行。宝太郎与凛音、加治木进行小组研究,没想到加治木与一位女性·圣相遇意气相投,立刻被迷住了。“我有话想问一之濑…”宝太郎从凛音沉思的表情那里可以看出某种烦恼,凛音的想法到底是…!?凛音的父亲风雅不是叛徒。 宝太郎说风雅有即使被说成是叛徒也必须遵守的规则…但是凛音知道了自己和顽固地想要遵守作为炼金术师的规则的不同之处,感到很不安。来自米那托“讨伐格里昂”的信中,宝太郎等人非常高兴。立刻赶到米那托指定的地方,突然出现了新的玛尔加姆。宝太郎除了蒸汽列车以外的所有卡片都被抢走了。村长以悲惨的姿态被发现,村民们认定是STARSHINE 星野干的,大吵大闹。把星野和弟子加治木关在仓库里。与宝太郎重逢的卡古亚,来到富良洲高中时,让学生们被“华丽”所吸引。连粉丝俱乐部都成立的邪恶引人注目,宝太郎也不由得头疼。 此时冥黑三姐妹之一的克洛托也为了得到“某样东西”而来到京都,偶然看到宝太郎等人的克洛托一怒之下,就创造了新的玛尔加姆…!