Entra en juego el Departamento de Investigaciones Especiales (DIE), una sección secreta del gobierno encargada de la investigación de cuestiones...poco usuales. Naturalmente, el Manuscrito de Rambaldi les tiene ocupados y fascinados. Su principal pista es Sydney, de modo que la "invitan" a que colabore con ellos para descifrar el texto del libro, al que se refieren como "La Profecía". Tras someterse voluntariamente a gran cantidad de pruebas, finalmente Sydney decide no colaborar más con el DIE y se marcha. El SD-6 acude a la reunión de emergencia de la Alianza de los Doce donde expone que creen haber identificado al Hombre, cuya verdadera identidad es Alexander Khasinau, una persona con conexiones con la mafia rusa. Sloane hace todo lo posible para urdir una trama dentro de la Alianza que incline la balanza de los votos hacia la guerra directa contra el Hombre. Para ello pacta con el jefe del SD-9, Edward Poole, el cual le pide a Sloane que mate a John Briault, viejo amigo personal de Sloane y miembro de la Alianza, a cambio de su voto positivo. Pero, como siempre con esta gente, no todo es lo que parece. Mientras, Sydney y Vaughn han de viajar al Vaticano para obtener una clave para descifrar el código de Rambaldi, una especie de piedra Rosetta que les permita comenzar a traducir el libro. Lo consiguen, naturalmente, pero la traducción arrojada por el libro pone a Sydney en una complicada situación y es detenida por el DIE ¡basados en una profecía de hace siglos!.