Después de ganar una lotería especial, Makoto Naegi, un estudiante promedio, se inscribe en la prestigiosa Hope's Peak Academy para estudiantes talentosos de secundaria. Sin embargo, en el momento en que Makoto entra al interior de la escuela, cae inconsciente y luego se despierta en un salón de clases lleno de cámaras de seguridad y placas de acero. Siguiendo las instrucciones de una nota para reunirse en el gimnasio, Makoto encuentra catorce otros estudiantes únicos en una situación similar, incluyendo un ídolo escolar de su antigua escuela secundaria, Sayaka Maizono. Es en este punto que el autoproclamado director, un oso de control remoto llamado Monokuma, aparece ante ellos, anunciando que los estudiantes permanecerán en la escuela por el resto de sus vidas y que solo pueden "graduarse" matando a otro estudiante. . Rechazando esta idea, los estudiantes pasan los siguientes días buscando en los terrenos de la escuela para tratar de encontrar una salida alternativa. Decidiendo que todos necesitan un motivo para matar, Monokuma muestra a cada alumno un DVD personalizado que los motiva a escapar a toda costa; en el caso de Makoto, se puso en peligro un video de su familia. Como Sayaka también está desconcertada por el contenido de su video, Makoto intenta calmarla, prometiéndole que encontrará la manera de sacarlos a los dos.