10만 3천 권의 마도서의 내용을 머릿속에 담고 있는 탓에 정산인의 15%밖에 뇌를 사용할 수 없다는 인덱스. 완전 기억 능력이란 특수한 능력을 가졌기 때문에 그 기억을 정확히 1년 주기로 지워주지 않으면 그녀는 목숨을 잃을 수도 있다고 한다. 그 사실을 카오리를 통해 알게 된 토우마에게카오리가 전화를 걸어온다. 제한시간, 인덱스를 살릴 수 있는 리미트는 바로 그날 밤 자정. 그 제한시간을 지나게 되면 인덱스는 죽을 수도 있기 때문에 그 전에 자신과 스테일이 기억을 지우러 갈 것이므로 작별 인사를 하라는 카오리의 말에 충격을 받은 토우마는 인덱스의 기억을 지우지 않고도 그녀를 살릴 수 있는 방법을 찾기 위해 골몰한다. 하지만 그의 그런 노력에도 불구하고 허무하게도 시간은 제한시간인 자정, 12시가 돼 버린다. 그렇게 토우마 앞에 카오리와스테일이 모습을 드러내는데... 궁지에 몰린 토우마는 과연 인덱스의 기억을 지우지 않고도 살릴 수 있는 방법을 찾아낼 수 있을까?