Na het verslaan van de Elite Four op het Indigo Plateau is Red eindelijk klaar om de kampioen uit te dagen en zijn krachten naar een hoger niveau te tillen. Hij realiseert zich niet dat de nieuwe kampioen zijn oude rivaal Blue is! Het gevecht dat volgt is het hevigste dat ze ooit hebben gehad. En er liggen nog meer verrassingen in het verschiet voor Red als hij op zoek gaat naar een mysterieuze nieuwe Pokémon en nieuwe grenzen opzoekt!